Ich gehe mal der Annahme, Du willst die Proxy-Suite als FTP-Proxy für einen Browser einsetzten. Da würde ich an Deiner Stelle Squid nehmen, ist leichter zu konfigurieren (auch als Transparenter Proxy).
Um die Proxy-Suite als transparenten Proxy einzusetzen muß man eine netfilter Regel definieren, die jeden FTP-Verkehr auf den Port des Proxys umleitet. Weitere Infos dazu findest Du auf der Homepage der Proxy-Suite (http://www.suse.de/en/whitepapers/proxy_suite/) und in der Manpage 'ftp-proxy.conf'.