Apache läuft meistens als User wwwrun oder nobody. Da Apache aber Port 80 braucht und der kleiner 1024 ist, kann Apache nur von root gestartet werden. Es geht also nicht Apache von PHP aus neu starten zu lassen. Außer du trägst als Apache User root ein - das ist aber wohl eher eine dappige Idee
Alternativ dazu folgende Lösung: macht Confixx und wie die alle heißen auch so: die erstellen eine Art Spool-Datei wo drin steht was zu tun ist, also Apache neustarten. Der cron-Daemon ruft jede Minute ein Programm auf, daß diese Dateien - falls vorhanden - auswertet. Dürfte klar sein, daß dieses Programm in der crontab von root steht und damit ist Dein Problem, spätestens nach einer Minute, erledigt.