Ich stell mal überspitzt dar:
Installations-CD reinschieben, klicker hier, klicker da, drei Config-Files editieren.
Das hast du schon selber gemerkt und jetzt versuchst du, das Projekt sinnlos aufzubrezeln.
Ich halte von der Projektidee relativ wenig.
Warum FTP, wenn in einem internen Netz eher SMB gefahren wird?
Warum wird ein interner Server in einem internen Netz noch zusätzlich mit einer Firewall abgeschottet?
Apache gibt es auch für Windows, MySQL auch. Warum also ein Pinguin?
Warum eine (separate?) Rechteverwaltung, wenn man das mit einem Single-sign-on über den zentralen Verzeichnisdienst (Ldap, AD, eDirectory) lösen könnte?
Ich bin momentan noch nett, wenn du aber über diese Fragen nicht nachdenkst, könnte es dir im Fachgespräch das Genick brechen.