Hallo!
Das hängt von einigen Randbedingungen ab!
Gewöhnlich hat man einen LayoutManager für Panels o.ä. Dieser LayoutManager sorgt dann für die angemessene Größe und die richtige Positionierung. Für manche Manager ist die preferred Size dann nur ein Hinweis für die Soll-Größe, welche nicht immer eingehalten wird.
Beim NullLayout muss jede Komponente absolut mit x-y-Koordinaten positioniert werden. Hier kann man dann auch die Größe bestimmen.
Ansonsten kann es Besonderheiten und Einschränkungen bei Deinem GUI-Designer geben. Welchen benutzt Du denn?