Hallo!
Grundsätzlich sollte entweder die inzwischen verfügbare deutsche HIlfedatei uter www.autoitscript.com deine Fragen beantworten oder du meldest dich auf Englisch im "Original"-Forum unter www.autoitscript.com/forum.
Trotzdem die Atworten auf deine Fragen:
Zum Programmstart verwendest du Run("C:\Programm.exe") oder RunWait, wenn erst nach Schließen des Programmes im Skript fortgefahren werden soll.
Mausklicks führst du mit MouseClick aus, die Mausposition bekommst du mit MouseGetPos. Interessant ist auch die Funktion ControlClick, da du damit direkt einen Button klicke kannst, ohne zu wissen, wo auf dm bildschrim er liegt.
Viel Glück und bei Bedarf gerne auch per Mail fragen, peethebee