Gut, die erste Frage wäre, wo dieser Code steht, d.h. ob er überhaupt zum passenden Zeitpunkt ausgeführt wird.
Noch wichtiger ist aber, dass es nicht ausreicht, die Koordinaten auf Gleichheit zu prüfen, außer deine beiden Pictureboxen sind beide nur 1 x 1 Pixel groß.
Wenn beispielsweise der Baum eine Breite von 20 Pixeln hat, und die Ameise eine von 10, dann findet in der horizontalen eine Berührung möglicherweise schon dann statt, wenn Ameise.X zwischen Baum.X - 10 und Baum.X + 20 liegt. Du musst also die Ausdehnung deiner Kollisionsobjekte beachten.
Das alles berücksichtigt übrigens noch gar nicht irgendwelche transparenten Teile der Bilder, sondern reduziert die Objekte bezüglich der Kollisionserkennung auf einfache Rechtecke. Ist das ausreichend?