Erstens, lass die Finger von Dev-C++. Diese IDE hat viele Fehler und wird seit Jahren nicht mehr weiterentwickelt.
Zweitens ist es keine gute Idee, wenn zwei Threads gleichzeitig auf Tastatureingaben warten. Das kann nur schiefgehen.
Drittens solltest du deine Threads mit _beginthread(ex) starten, wenn du in der Threadfunktion irgendwelche Funktionen der Standardbibliothek benutzen willst. CreateThread ist eine Low-Level-Funktion, die man eher selten braucht. Das hat aber vermutlich nichts mit deinem Problem zu tun.
Viertens, fflush(stdin) erzeugt undefiniertes Verhalten. Zumindest kannst du dich nicht darauf verlassen, dass das portabel ist. Soweit ich weiß, bewirkt das nur bei den Microsoft-Compilern das Leeren des Tastaturpuffers.
Fünftens, system("exit") tut rein gar nichts, außer Prozessorzeit zu verbraten. Du startest damit einen neuen Prozess, der sich dann sofort selbst beendet. Dein Programm läuft danach einfach weiter.