Es ist aber sinnlos, XML- oder Binärdateien Zeile für Zeile einzulesen.
Wie gesagt, dann brauchst du einen Algorithmus, der dir sagt, in welcher Reihenfolge die Zeilen stehen müssen. Das geht beispielsweise dann, wenn die Zeilen Zeitstempel enthalten.
Es könnte auch sein, dass die Reihenfolge egal ist, und du nur Duplikate ausfiltern musst.
Deswegen musst du genau klären, was mit "mergen" gemeint ist. Es gibt keine allgemeingültige Bedeutung für diesen Begriff, mit der du hier etwas anfangen könntest. Es gibt sehr sehr viele Möglichkeiten, zwei Dateien zu einer zusammenzufügen, und alle sind ohne weitere Kenntnisse über den Inhalt gleich sinnvoll (oder eher sinnlos).
Dann stell dir mal vor, in C:\temp liegen deine Auslagerungsdatei (pagefile.sys) und eine Textdatei mit dem Inhalt "Hund Katze Maus". Da für dich ja offenbar klar ist, was "mergen" heißt, müsstest du mir ja erklären können, wie die Zieldatei aussieht.