Die Knoten speichern deine Datenelemente. Wenn das Verzeichnisse und Dateien sind, dann Verzeichnisse und Dateien. Dabei kann jeder Knoten, egal ob innerer oder Blatt, mehrere Datenelemente speichern. Was wo zu liegen kommt, hängt von den Schlüsseln ab. Das solltest du aber wissen, wenn du B-Bäume kennst.
Ich glaube, du solltest mal 2 bis 3 Schritte zurück machen und genau festhalten, was du eigentlich willst. Die Beschreibung "Dateisystem indizieren" ist viel zu ungenau. Was genau willst du erreichen? Was sind deine Suchkriterien, was deine Suchergebnisse?