Das kannst du nicht mit Stringfunktionen machen. Du hast eine Binärdatei, da kann potenziell das Stringende-Zeichen ('\0') drin vorkommen. Da bricht jede Stringfunktion, strtok oder strstr oder was auch immer, die Bearbeitung ab.
Lade die Datei blockweise in den Speicher und durchsuche den Block mit einer Schleife nach 3d. Wenn du 3d gefunden hast, prüfe, ob das nächste Byte 03 ist. Achte auf mögliche Trennung deines Suchmusters an der Blockgrenze.
Wenn du sicherstellen kannst, dass diese Bytekombination nur z.B. an geraden Dateipositionen stehen kann, kannst du auch wortweise vergleichen, das bringt einiges an Geschwindigkeit.