Solange Du nicht für Dich selbst eindeutig formulieren kannst, wie bei Konflikten vorgegangen werden soll, brauchst Du gar nicht anfangen, irgendwas zu programmieren.
Du musst für jeden Fall eindeutig angeben können, was passieren soll:
Datensatz in DB1, aber nicht in DB2 -> Aktion?
Datensatz in DB2, aber nicht in DB1 -> Aktion?
Datensatz in DB1 und DB2, aber unterschiedlich -> Aktion?
Wenn du kein Änderungslog oder eine andere Art der zeitlichen Verfolgung - z.B. Zeitstempel im Datensatz - hast (dann könntest du sagen, neu geht vor alt), bleibt dir eigentlich nur, eine der Datenbanken als "Master" festzulegen, und was darin steht, hat Vorrang.