Der TaskManager von Windows hat seine ganz eigene Auffassung von Prozesszuständen. 'Wird ausgeführt' bedeutet eigentlich 'Wartet', und 'Keine Rückmeldung' heißt soviel wie 'Hat viel zu tun'.
Dass Dein Programm, nicht mehr reagiert während es arbeitet, liegt daran, dass der einzige Thread Deiner Anwendung beschäftigt ist. Wenn Du das umgehen willst, dann musst Du einen weiteren Thread starten, der dann die Arbeit erledigt (einen Worker-Thread, wie MS das nennt). Dann kann der erste Thread (der User-Interface-Thread) weiterhin dafür sorgen, dass das Fenster sich so verhält, wie man es von einem Fenster erwartet. Dann ist auch der TaskManager zufrieden.
Ein zweiter Thread bringt allerdings einige neue Probleme mit sich. Der 'Splitten'-Button (oder Menü-Eintrag, was auch immer) muss auf 'disabled' gesetzt werden, damit man nicht noch einen dritten Thread starten kann, während der zweite noch läuft. Außerdem solltest Du verhindern, dass das Programm beendet wird, während der Worker-Thread noch läuft, damit die Anwendung in einem definierten Zustand terminiert.