Wenn du sagst, dass der Vertrag bereits unterschrieben ist würde ich mir erstmal nicht so eine Panik schieben. Immerhin hätte das Unternehmen ja auch sagen können, dass du den Vertrag erst mit bestandenem Fachabitur bekommst oder Ähnliches.
Die Noten in Mathematik und Chemie dürften sowieso eine Vorwarnung fürs Unternehmen gewesen sein - ich denke dein Arbeitgeber wird nun nicht blauäugug gedacht haben, dass du nun aufeinmal die besten Noten bringen wirst.
Ich an deiner Stelle würde mit dem Ganzen offen umgehen. Sag es deinem Arbeitgeber, denn Verschweigen bringt dir sowieso nichts - sollte es rauskommen, dann brodelt der Kessel erst recht.
Gib dir in der Probezeit deiner Ausbildung dann einfach richtig Mühe (danach natürlich auch) und beweis den Menschen im Unternehmen, dass sie sich trotz dem nicht geschafften Fachabitur richtig entschieden haben.
Versuch vorher Defizite die berufsrelevant sein könnten aufzuarbeiten :-).